Bij de grote restauratie tussen 2001 en 2009 is de schil van het monument aangepakt waar dat kon zonder het beeld te verstoren. Alle vensters kregen aan de buitenzijde een computergestuurd uitgesneden voorzetglas van 1 centimeter dik, voor geluids- en warmte-isolatie. De houten gewelven van schip en dwarsschip zijn geïsoleerd, en de vloer is geïsoleerd en gestabiliseerd. In diezelfde vloer is de vloerverwarming opnieuw aangelegd, wat een rendementswinst van ruim vijftig procent opleverde.

De grootste losse besparing zit in de verlichting. In 2013 en 2014 zijn de kaarslampen in de kroonluchters en de pendelverlichting vervangen door dimbare ledlampen, goed voor 10.000 kWh per jaar – volgens de stichting het verbruik van drie huishoudens. Inmiddels is alle verlichting in het monument led, tot in de kroonluchters toe. Op plekken waar licht makkelijk onnodig blijft branden, zoals gangen, toiletten en backstage-ruimtes hoog boven de gewelven, schakelen bewegingssensoren de lampen aan bij passage en na verloop van tijd vanzelf weer uit. De stroom die daarna nog nodig is, wordt groen ingekocht.

In januari 2019 zijn de verouderde ketels van de kantoren vervangen en is de oude thermostaat vervangen door een digitale regeling, die behalve binnen- en buitentemperatuur ook de luchtvochtigheid registreert. Dataloggers bewaken daarnaast continu het klimaat bij de orgels en in de zeventiende-eeuwse Kerkmeesterskamer; dat systeem is in mei 2025 geactualiseerd en naar een nieuwe server verplaatst.

Volgens de eigen opgave van de organisatie zijn er daarnaast mechanische en centrale balansventilatie met capaciteitsregeling, aangestuurd via aanwezigheidsschakelaar en tijdschakelaar, en beperken geautomatiseerde deuren het warmteverlies bij in- en uitloop. De verwarmde ruimtes hebben convectoren met thermostatische radiatorkranen, en het verbruik wordt gevolgd via een gebouwbeheersysteem en een slimme meter.

De Pieterskerk Leiden heeft sinds 2011 het Green Key GOUD-keurmerk. Duurzaamheid speelt daardoor een belangrijke rol bij alle inkopen, van koffie, papier en verlichting tot catering bij evenementen. Waar mogelijk wordt samengewerkt met lokale leveranciers.

Bij onderhoud worden FSC-gecertificeerd hout en verf met een ecokeurmerk gebruikt. Ook werkt de organisatie aan afvalpreventie, afvalscheiding, duurzaam printen en duurzame bedrijfskleding.

De ambitie is om in 2030 volledig aardgasvrij te opereren. Hiervoor worden haalbaarheidsstudies uitgevoerd en technische mogelijkheden onderzocht die passen binnen de monumentale kaders.

Rondom de kerk ligt een stadstuin van aanzienlijke omvang, op de plek waar tot de kruitschipramp van 1807 proveniershuizen stonden. In het najaar van 2014 zijn tussen de beuken drie terrassen en grindpaden aangelegd; in het voorjaar van 2015 is de zuidtuin beplant. Bij die herinrichting waren waterbesparing en het aantrekken van insecten en vogels leidend.

De beplanting is zo uitgekozen dat besproeiing van de tuin niet nodig is. Wintergroene heesters dienen als schuilplek voor kleine vogels, en bloei en vruchtdracht zijn bewust over het jaar gespreid: midden in de winter bloeien de vleesbes en de olijfwilg, in het voorjaar de bollen, stinzenplanten, krentenboompjes, seringen en prunusbomen, en in de zomer de phloxen en vlinderstruiken. Dat trekt bijen en vlinders aan. Een regenton in de tuin zorgt in hete zomers voor wat extra water en een paar insectenhotels bieden onderdak in de winter.

Het onderhoud van de tuin ligt bij vrijwilligers, onder wie buren uit de omgeving.

Rond het monument zijn onder andere inheemse bomen, groene boomspiegels, een kruidenrijke berm en een moestuin/pluktuin te vinden.

Voor het woon-werkverkeer van medewerkers stelt de organisatie een OV-abonnement vanuit de werkgever beschikbaar. Daarnaast is er een regeling voor thuis- en telewerken, waarmee een deel van de ritten naar de binnenstad vervalt. De ligging van het monument midden in het autoluwe centrum van Leiden, op loopafstand van station Leiden Centraal, maakt komen met het openbaar vervoer voor bezoekers en medewerkers goed mogelijk.

De stichting committeert zich aan de Governance Code Cultuur en hanteert waar mogelijk de Fair Practice Code, met Fair Pay, Fair Share en Fair Chain als uitgangspunt en solidariteit, duurzaamheid, diversiteit, vertrouwen en transparantie als kernwaarden.

Vrijwilligers vormen een belangrijk onderdeel van de organisatie. Ook worden werk- en vrijwilligersplekken geboden aan mensen die extra ondersteuning nodig hebben. Daarnaast werkt de Pieterskerk samen met scholen en universiteiten via gastlessen, stages en kennisdeling.

De gemeente Leiden en verschillende fondsen ondersteunen het behoud en de verduurzaming van het monument. In het personeelsbeleid is aandacht voor gezondheid en een groene werkomgeving.